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コロナ禍以降、オンラインでの販路拡大を目指す中小企業や個人事業主の間でECサイト構築のニーズが急増しています。
しかし、2024年度からは「IT導入補助金」でのECサイト構築が対象外となり、多くの方が補助金選びに悩んでいます。補助金制度は多岐にわたり、それぞれに対象要件や補助内容が異なるため、情報の整理が欠かせません。
ここでは、ECサイト構築に使える最新の補助金情報を網羅し、自社に最適な制度の選び方や活用のコツ、成功事例までを詳しく解説します。
読み終えた頃には、補助金を活用したECサイトの実現に向けて、一歩踏み出せる自信を持てるはずです。
まず知りたい！ECサイトに使える補助金一覧と選び方
ECサイト構築を補助金で実現するためには、まずどの制度が利用できるのかを知ることが重要です。2025年現在、複数の補助金制度が存在し、それぞれに対象者や補助内容が異なります。
ここでは、ECサイトに活用できる代表的な補助金制度と、事業者ごとに最適な補助金を選ぶための視点、そして補助金を使うメリットについて詳しく解説します。
ECサイト構築で使える主な補助金4選【2025年最新】
2025年現在、ECサイト構築に活用できる補助金は以下の通りです。
| 補助金名 | 補助率 | 補助上限額 | 特徴 |
| 小規模事業者持続化補助金 | 2/3 | 上限50万円 特定条件で上限250万円 | 幅広い業種が対象。ECサイトも対象経費に含まれる |
| ものづくり補助金 | 1/2～2/3 | 上限4,000万円 IT・物流連携など高度な開発に適用 | 高機能なECサイトや物流システム連携に最適 |
| 事業再構築補助金 | 1/3～3/4 | 上限9,000万円 新分野展開や業態転換に対応 | 事業全体の構造転換とセットでECサイト導入可能 |
| 地方自治体の補助金 | 地域により異なる | 内容も地域ごとに異なる | 地域独自の制度があるため要確認 |
それぞれの補助金には、対象事業者や使える経費が異なるため、まずは制度の概要を把握することが大切です。
自社に合った補助金を選ぶ3つの視点
補助金を選ぶ際は、単に「使えるかどうか」だけでなく、以下の視点で比較すると、より自社にマッチした制度を見つけやすくなります。
- 事業の規模や業態との適合性
- 補助対象経費の内容と自社の目的の一致
- 補助率と自己負担のバランス
たとえば、ECサイト制作と、チラシ作成や広告出稿といった他の販路開拓の取り組みを組み合わせて実施したい事業者に、「小規模事業者持続化補助金」は、向いています。一方で、高度なシステム連携を含む場合は「ものづくり補助金」が適していると言えるでしょう。
事業の将来性や資金繰りも考慮して、最適な制度を選びましょう。
補助金活用で差がつく！支援を受けるメリットとは
補助金を活用することで得られるメリットは、単に「費用を抑えられる」だけではありません。
- 資金面の余裕ができることで、品質の高いサイト構築が可能
- 公的支援により、対外的な信用度がアップ
- 計画書作成を通じて事業戦略の明確化が進む
さらに、支援事業者や専門家のサポートを受けることで、「申請通過率が高まり、成果も出やすくなる」という利点もあります。
特に初めて補助金を活用する事業者には、申請支援サービスの利用がおすすめです。
IT導入補助金ではなぜECサイト構築が対象外になったのか
以前はECサイト構築の定番補助金として多くの事業者が活用していたIT導入補助金ですが、制度改正によりECサイト関連が対象外となりました。
ここでは、その変更の背景や今でも誤解されやすい点、そして次に選ぶべき補助金へのスムーズな切り替え方法について整理します。
制度改正で除外された背景と理由
かつてIT導入補助金では、ECサイト構築が「業務効率化につながるITツール」として認められていました。
しかし2023年度以降の制度改正で、単なる「集客目的」のサイトは生産性向上に直接貢献しないと判断され、対象から除外されました。
政府の方針としては、「業務プロセスの見える化」や「自動化」など、明確に生産性が向上するITツールへの重点化が狙いです。この方針転換により、ECサイトそのものではなく、販売管理や決済システムなどの一部機能のみが対象となるようになっています。
今でも対象と誤解されるケースと注意点
多くの中小企業や制作会社では、以前の印象が残っているため、「IT導入補助金でECサイトが作れる」と誤解されるケースが少なくありません。特に注意が必要な点は以下の通りです。
- 補助金の最新情報を確認せずに準備を進めてしまう
- 補助事業者に依頼すれば問題ないと考えてしまう
- 補助対象外であることを契約後に知る
こうした誤解を避けるには、最新の公募要領を確認することが何よりも大切です。また、信頼できる申請サポート業者に相談することで、対象外のリスクを避けられます。
代替補助金にスムーズに切り替えるコツ
IT導入補助金が使えないと分かった時点で、速やかに別の補助金への切り替えを検討すべきです。スムーズな移行を図るには、以下のようなステップが効果的です。
- 自社のECサイト構築目的を明確化する（販売促進か、業態転換か）
- 複数の補助金を比較し、申請スケジュールや要件を整理する
- 専門家と相談して、より確実に採択される計画を立てる
特に小規模事業者持続化補助金や事業再構築補助金は、ECサイトが対象となる数少ない制度です。自社の目的に合わせて、最適な補助金へと切り替えていきましょう。
小規模事業者持続化補助金でECサイトをつくる方法
ECサイト構築に最も実用的に使える補助金の一つが「小規模事業者持続化補助金」です。対象範囲が広く、ECサイト制作費も補助対象に含まれるため、多くの小規模企業にとって現実的な選択肢となっています。
ここでは、対象者や要件、申請方法から採択率アップの工夫、実際の活用事例までを紹介します。
補助対象者と申請要件
小規模事業者持続化補助金は、商工会または商工会議所の支援を受けている事業者が対象です。具体的には以下のような企業・個人が申請可能です。
- 常時使用する従業員数がサービス業で5名以下、製造業で20名以下
- 個人事業主や創業間もない事業者も対象
- 申請にあたっては、まず地域の商工会・商工会議所に事業計画を相談し、内容の確認を受けた上で、申請に必須となる「事業支援計画書（様式4）」を発行してもらうことが必要
ECサイトの制作費用は「ウェブサイト関連費」として申請しますが、この経費には、補助金全体の枠とは別に、以下の2つの絶対的な上限ルールが設けられています。
1.ウェブサイト関連費は、申請する補助対象経費全体の4分の1まで
2.ウェブサイト関連費として受け取れる補助金の上限額は50万円まで
これは非常に重要なポイントです。
ECサイトは「ウェブサイト関連費」で申請可能
小規模事業者持続化補助金では、ECサイトの構築費用が「ウェブサイト関連費」として補助対象になります。対象となる費用の例は以下の通りです。
- ECサイト制作費用
- オンライン決済システムの導入費
- スマートフォン対応の設計・構築
- SEO施策やアクセス解析ツール導入費
ただし、単なる情報発信用のホームページは補助対象外となるため、販売機能のある構成であることが前提です。
申請を受理してもらうための「必須要件」
補助金の審査では、「売上拡大に向けた取り組みの一体性」が重視されます。ECサイト単体ではなく、チラシ配布や展示会出展と連動させた取り組みが必須です。
ECサイト構築＋販売促進策の組み合わせ例：
- 新商品の販促チラシを制作し、同時にECサイトを公開
- 展示会で配布するQRコードからECサイトに誘導
- SNS広告を活用したキャンペーン連動
チラシ作成や展示会出展など、他の販路開拓の取り組みと組み合わせることは、申請の前提となる絶対条件です。
成功事例から学ぶ効果的な活用法
実際にこの補助金を活用して成功している事業者の共通点としては、以下のような工夫があります。
- 補助対象期間内にしっかりと制作スケジュールを管理
- 専門の制作会社や支援事業者と連携
- SNS・SEO対策と連動したECサイト販路拡大を実施
例えば、地元で手作り雑貨を販売していた女性起業家が、補助金を活用してECサイトを開設し、全国からの受注を獲得できる体制に拡大したケースもあります。
こうした事例は、他の中小企業にとっても再現性のある取り組みとして参考になります。
ものづくり補助金で高機能なECサイトを構築する
より高機能なECサイトや業務効率化を狙ったシステム構築を目指すなら、「ものづくり補助金」の活用が有効です。高度な開発に対応しているため、一般的なECサイト構築に加えて、在庫管理や受注処理との連携も補助対象となります。
ここでは、申請要件や補助対象、具体的な活用事例を詳しく解説します。
通常枠で申請する際の要件と補助率
ものづくり補助金の通常枠で申請する場合、以下の要件を満たす必要があります。
- 中小企業であること（資本金・従業員数要件あり）
- 革新的な製品・サービスの開発、または業務プロセスの改善
- 事業計画期間中に賃上げ目標を達成すること
補助率は1/2〜2/3で、補助上限額は、申請する枠や従業員の人数によって大きく変わるのが特徴です。単なるECサイトではなく、高度な機能やシステム連携があることが採択のポイントとなります。
ECシステム連携や物流改善も補助対象になる理由
ものづくり補助金は、「生産性向上」や「プロセス改善」を目的とする制度です。そのため、以下のような取り組みは補助対象になりやすいです。
- 受注から発送まで一貫管理できるECシステムの構築
- リアルタイム在庫連動と連携した販売チャネルの統合
- 物流コスト削減につながる倉庫連携システムの導入
こうした機能は、単なるホームページ作成とは一線を画すため、申請時に明確な目的と効果を記載することで、審査でも高評価を得られます。
これまでのECサイト構築事例と効果
実際の採択事例としては、以下のようなケースが報告されています。
- アパレル業が、ECサイトと在庫管理・会計ソフトをAPI連携
- 食品製造業が、受注データをリアルタイム反映させることで人件費20％削減
- 地方の工芸業者が、予約管理機能付きの海外向け越境ECサイトを導入
これらの事例では、業務の効率化と売上拡大の両面で成果が出ていることが共通しています。補助金を活用して単なる制作に留まらない「業務改善型ECサイト」を目指す姿勢が求められます。
申請前に確認すべき注意点とは
ものづくり補助金を申請する際には、以下の点に注意が必要です。
- 補助対象期間や要件を厳守すること
- 実績報告と効果測定のためのデータ管理体制を整えること
- 公募時期が限られているためスケジュール管理が重要
特に事業計画の具体性と実現可能性が問われるため、制作会社や申請支援の専門家と連携し、確実な準備を進めることが大切です。
事業再構築補助金を活用したEC事業の新展開
事業再構築補助金は、業態転換や新分野への挑戦を支援する制度として注目されています。
EC事業も「新しいビジネスモデル」として高く評価されており、大規模な投資が必要な場合にも対応できる補助金です。
ここでは、制度の活用方法とポイント、注意点を詳しく紹介します。
対象となる「業態転換」や「新分野展開」とは
この補助金の特徴は、対象が、既存の主力事業を縮小・廃止するなど、会社全体の事業構造を大きく変える「思い切った転換」を伴う場合に限られます。EC事業は、その「新たな柱」として位置づけられる必要があります。
- 飲食業が食品販売のためのECサイトを新規立ち上げ
- BtoBの製造業が、BtoCのEC販売へ展開
- 来店型ビジネスからオンライン販売への移行
こうした取り組みは、「新分野展開」「業態転換」として認められやすく、EC事業が採択される可能性も高いのが特徴です。
補助率・補助上限額と必要な計画内容
補助率と上限額は、企業規模や申請枠によって異なりますが、代表的なものは以下の通りです。
| 枠 | 補助率 | 上限額 |
| 成長分野進出枠 | 中小企業：1/2 | 最大7,000万円 |
| 中堅企業：1/3 | 最大1億円 |
申請には、5年間の事業計画書が必要で、付加価値額や従業員1人あたりの付加価値の増加目標を設定する必要があります。計画書の精度と実現性が、採択のカギを握ります。
申請時にありがちな落とし穴
事業再構築補助金は高額な補助が受けられる一方で、申請の難易度も高い制度です。以下のようなミスに注意が必要です。
- 「新分野性」が弱いと判断され不採択に
- 既存事業の延長と見なされてしまう
- 市場分析や競合比較が不十分
特にEC事業は「珍しくない」と見なされがちなので、他社との差別化や具体的な成長戦略の記載が不可欠です。
ECサイト構築との相性がよい理由と採択事例
事業再構築補助金とECサイト構築は、実は非常に相性が良いとされています。その理由は以下の通りです。
- オンライン販売という明確な事業転換が行える
- 新たな収益源の創出が明示しやすい
- 新商品・新サービスとの連動が可能
既存の事業を続けながらECサイトを「追加」するだけの計画は、事業再構築とは認められず、採択されることはありません。
この補助金で採択されるのは、会社の主力事業を入れ替えるほどの「思い切った転換」を伴う、次のような事業計画です。
農業法人：これまで主力だったJAへの卸売事業から完全に撤退し、自社で加工場を新設。独自のD2Cブランドを立ち上げ、ECサイトでの個人向け販売を今後の事業の唯一の柱とする。
工芸品メーカー：インバウンド需要に依存していた実店舗をすべて閉鎖し、事業構造を抜本的に改革。新たにVR体験機能を搭載した越境ECサイトを構築し、海外の富裕層向けオンライン販売に事業を完全シフトする。
地方自治体の補助金・支援制度にも注目
国の制度だけでなく、都道府県や市区町村など、地方自治体でも独自の補助金や支援制度を設けています。
特にECサイト構築に関しては、地域産品の販路拡大を目的とした取り組みが多く、自社の所在地によっては国の補助金よりも手厚い支援を受けられることもあります。
ここでは、代表的な自治体の制度や申請の注意点、自分の地域での補助金の探し方について紹介します。
東京都・大阪府など自治体独自のEC補助制度
主要都市では、地域企業のデジタル化を促進する目的で、独自の補助制度が充実しています。
【例：東京都の支援】
- 「新たな販路開拓支援事業」で、ECサイト構築費の1/2補助（最大100万円）
- 商工会議所などを通じた申請支援やセミナーも充実
【例：大阪府の支援】
- 「中小企業経営強化事業補助金」で、デジタル販促を含む費用の補助
- EC支援専門家による無料相談窓口あり
自治体の制度は公募期間が短く、制度の改廃が非常に激しいという大きな特徴があります。先着順のケースもあるため早めの情報収集が重要です。
制度ごとに異なる補助内容と申請条件
地方自治体の補助金は、対象経費・補助率・要件などが制度ごとに異なるため、以下の点を確認する必要があります。
- 対象となる企業規模（従業員数、資本金）
- 必須条件（地元商工団体の推薦など）
- 補助対象経費（ECサイト、広告、物流など）
- 補助率や上限金額
また、同一内容で国の補助金との併用は不可なケースも多いため、活用したい制度が複数ある場合は計画的に選択することが求められます。
自分の地域の補助金を見つける方法
最も確実なのは、地元の商工会議所や自治体の公式サイトでの確認です。以下のような方法も有効です。
- 各都道府県の「産業振興課」「商工業支援課」などのページをチェック
- 「J-Net21」や「ミラサポplus」など中小企業支援サイトを利用
- 地域の商工団体に直接問い合わせる
特に商工会議所などは、制度の詳細だけでなく申請書作成のサポートも行っているため、早めの相談が成功の近道となります。
補助金を使うときに失敗しないための重要ポイント
補助金は非常に有益な制度ですが、申請から実行までには多くの注意点が存在します。補助金の活用で失敗しないためには、資金繰りやスケジュール管理、申請書類の準備といった基本をしっかり押さえることが重要です。
ここでは、特に見落としがちな注意点と、よくある失敗例について解説します。
補助金は後払い、事前準備が重要
補助金の多くは、経費を事業者が一度立て替えて支払い、その後に精算される「後払い方式」です。そのため、以下のような準備が欠かせません。
- 事前に資金繰りの計画を立てておく
- 補助対象期間にしっかり工事・納品・支払いを終える
- 必要な領収書・証憑類をすべて保存しておく
後から申請しても補助対象にならない支出があるため、事業開始前に制度内容を細かく把握しておくことが成功のカギです。
1つの事業で複数補助金は併用不可
補助金制度では、「同じ内容の取り組みに対して、複数の補助金を受けること」は原則として禁止されています。
たとえば、次のようなケースはNGです。
- ECサイト構築費に対して、2つの補助金を申請する
- 類似内容の事業計画を使い回して複数制度に申請する
併用可能かどうかは、制度ごとに記載されているので、公募要領を必ず確認し、不明な点は事務局に問い合わせるようにしましょう。
審査書類の書き方次第で採択率が変わる
補助金の申請で最も重要なのが、事業計画書や申請書類の質です。審査員にとって分かりやすく、魅力的に映る書き方が採択率に直結します。
ポイントは以下の通りです。
- 読み手の立場に立った説明
- 課題→解決策→効果の流れを明確に示す
- 数字や事例を活用して具体性を持たせる
特にECサイト関連では、「なぜ今必要なのか」「他社とどう差別化するのか」を明確にすることで、信頼性と実行力をアピールできます。
不採択の原因で多いミスとは？
補助金申請における不採択の主な原因には、次のようなものがあります。
- 記載ミスや添付書類の不備
- 目的や計画が曖昧で、説得力がない
- 補助対象外の経費を含めている
特に多いのが、計画の「整合性が取れていない」「将来の見通しが弱い」と判断されるケースです。第三者の目で確認してもらい、改善点を洗い出すことが採択への近道になります。
自分に合った補助金を選ぶための診断フローチャート
補助金制度は多岐にわたるため、自社の状況に合った制度を見つけるのが意外と難しいものです。
そこで、事業規模や目的、自己負担額などの視点から、適切な補助金を選ぶためのフローチャート的な視点を紹介します。
選び方の整理に役立つ比較軸を確認しながら、最適な一手を見つけましょう。
事業規模と目的から絞り込む
まずは、自社の規模とECサイト導入の目的を明確にしましょう。
- 従業員が5名以下で、販路拡大が目的なら → 小規模事業者持続化補助金
- 中堅企業で高度なシステム導入を検討中 → ものづくり補助金
- 新規事業への転換や大規模投資が必要 → 事業再構築補助金
このように、目的別・規模別に分類すると、申請すべき補助金が自然と絞り込めるようになります。
補助対象経費と補助率、上限額の比較
補助率と上限額の比較や、投資額の目安を確認することも重要です。
| 補助金名 | 補助率 | 上限額 | 投資額の目安 |
| 小規模事業者持続化補助金 | 2/3 | 50万円 | 数十万～200万円 |
| ものづくり補助金 | 1/2～2/3 | 750万円～ | 1,000万～2,000万円 |
| 事業再構築補助金 | 1/2～2/3 | 7,000万 | 3,000万～6,000万円 |
このように投資額に合わせて、補助上限を比較し、申請すべき補助金を確認するのも選定のポイントになります。
今すぐ申請すべき補助金はどれ？
補助金の多くは、年に数回しか公募されず、タイミングを逃すと申請できないこともあります。したがって、以下の3点をチェックしましょう。
- 現在募集中か、近々公募予定があるか
- 申請準備に必要な期間と作業量
- 支援事業者との連携の有無
例えば、「現在すぐにECサイトを立ち上げたい」というニーズがあるなら、直近で募集が始まる小規模事業者持続化補助金を優先するのが現実的です。
助成金×SEO・広告運用で売れるECサイトをつくる
ECサイトを立ち上げるだけでは売上には直結しません。集客力を高めるためには、SEO対策や広告運用が不可欠です。
こうしたWEBマーケティングの強化にも活用できる助成金があることをご存知でしょうか？
ここでは、助成金を活用したSEO・広告運用支援の具体例と、売れるECサイトの仕組み作りについて紹介します。
SEO対策に活用できる助成金と支援サービス
SEO対策は長期的な集客基盤を作るうえで不可欠ですが、費用がかかるため踏み出せない企業も少なくありません。
NBCインターナショナル株式会社では、法人の担当者向けにSEO対策スキルを体系的に習得できる研修サービスを提供しています。本研修は、国の「人材開発支援助成金／事業展開等リスキリング支援コース」を活用することで費用の約80％が助成されます。
講師はすべて現役のSEOコンサルタント。内部対策からコンテンツ制作まで、実務で成果につながるノウハウを座学・演習形式で習得可能です。
中でも特長的なのが、生成AIを活用した最新のSEOコンテンツ制作手法を学べる点。
ChatGPTなどのAIツールをどう使えば、効率的かつ質の高い記事制作ができるのか――その活用法まで丁寧に解説します。
費用負担を抑えながら社内人材のSEOスキルを強化し、長期的に集客力のあるサイトを作りたい企業様にとって、最適な選択肢です。
この助成金は令和8年度終了予定のため、導入をご検討中の企業様はお早めにお問い合わせください。
eラーニングとオンライン講義を組み合わせた柔軟な研修形式で、全国どこからでも受講可能です。
自社のWeb戦略を加速させるために、ぜひ一度こちらからご相談ください。
広告運用インハウス化も助成金を活用して実現可能
NBCインターナショナルでは、WEB広告運用の内製化に関する研修プログラムも用意しています。現役の広告運用担当者が講師を務め、すぐに自社で広告運用を行うことができる実践的な内容です。
こちらの研修も「人材開発支援助成金／事業展開等リスキリング支援コース」を活用することで受講費用の約80%が助成対象となります。
- Google広告・メタ広告の基礎／応用
- WEB広告の効果検証と改善実践
- 効果の出るクリエイティブの作成方法 など
成功企業が実践した「ECサイト構築＋集客設計」
成果を出した企業の多くは、「ECサイトの構築」と「集客導線の設計」を同時に行っています。
成功事例の特徴：
- ECサイト開設と同時にSEO対策を実施しアクセスを獲得
- 効果的なWEB広告運用でCVを獲得
- CVへの導線やUI／UXを高めたサイト設計でCV率を高める
まとめ
ECサイト構築に活用できる補助金制度は、「IT導入補助金」以外にも豊富に存在します。
小規模事業者持続化補助金やものづくり補助金、事業再構築補助金など、それぞれの目的や規模に応じて使い分けることが重要です。さらに、地方自治体の支援制度も活用の幅を広げてくれます。
とりわけ、ECサイトを単なる制作に終わらせず、SEOや広告といった集客施策と組み合わせて活用することが、成果を出すための大きな鍵となります。補助金や助成金を賢く使えば、限られたコストでも高品質なサイト構築が可能になります。
ECでの集客を成功させたい方には、NBCインターナショナルの「助成金を活用したSEO・広告支援サービス」がおすすめです。費用の約80％が助成される制度を使いながら、効果的な集客施策を学び、導入できる環境が整っています。
まずは専門家に相談し、自社に最適な補助金や助成金と活用法を見つけてください。